Hispaania-Ameerika sõja ajal algatasid USA väed sissetungi Puerto Rico - 108 miili pikkusele, 40 miili laiusele saarele, mis oli üks Hispaania kahest peamisest valdusest Kariibi mere piirkonnas. Väikese vastupanu ja vaid seitsme surmaga suutsid USA väed kindral Nelson A. Miles'i alluvuses saare kindlustada augusti keskpaigaks. Pärast vaherahu sõlmimist Hispaaniaga tõstsid Ameerika väed saare kohal USA lipu, vormistades USA võimu selle miljoni elaniku üle. Detsembris allkirjastati Pariisi leping, millega lõpetati Hispaania-Ameerika sõda ja kiideti ametlikult heaks Puerto Rico ülestunnistamine Ameerika Ühendriikidesse.
Oma valitsemise esimese kolme aastakümne jooksul tegi USA valitsus jõupingutusi oma uue valduse ameerikaliseerimiseks, sealhulgas andis 1917. aastal Puerto Ricansile täieliku USA kodakondsuse ja kaalus meedet, mis muudaks inglise keele saare ametlikuks keeleks. 1930ndatel võitis aga kogu saarel laialdase toetuse Demokraatliku Rahvapartei juhitud natsionalistlik liikumine ja edasisele USA assimileerimisele pandi edukalt vastu. Alates 1948. aastast võisid Puerto Ricans valida oma kuberneri ja 1952. aastal kiitis USA kongress heaks uue Puerto Rica põhiseaduse, mis muutis saare autonoomseks USA rahvasteks, mille kodanikud säilitasid Ameerika Ühendriikide kodakondsuse. Põhiseaduse võttis Puerto Rico ametlikult vastu 25. juulil 1952, USA sissetungi 54. aastapäeval.
Puerto Rica riikluse liikumine koos väiksemate liikumistega Puerto Rica iseseisvuse nimel on saarel küll toetajaid pälvinud, kuid 1967. ja 1993. aastal korraldatud rahvahääletused näitasid, et enamik Puerto Ricani elanikke toetas endiselt nende eristaatust Ameerika Ühendriikidena.
