Kell 12:18 plahvatab New Yorgis Maailmakaubanduskeskuse parkimismajas terroripomm, jättes 60 jalga laiuse kraatri ja põhjustades plahvatuse läheduses mitme terasest raudbetoonpõranda kokkuvarisemise. Ehkki terroripomm ei suutnud pilvelõhkujate põhistruktuuri kriitiliselt kahjustada, hukkus kuus ja sai vigastada üle 1000 inimese. Maailmakaubanduskeskus ise kannatas rohkem kui 500 miljonit dollarit kahju. Pärast rünnakut evakueerisid võimud hoonetest 50 000 inimest, kellest sadu kannatas suitsu sissehingamise käes. Evakueerimine kestis terve pärastlõuna.
Linnavõimud ja Föderaalne Juurdlusbüroo (FBI) korraldasid kahtlustatavate jaoks ulatusliku manööverdamise ja päevade jooksul arreteeriti mitu radikaalset islami fundamentalisti. 1994. aasta märtsis mõistis föderaalne žürii süüdi Mohammed Salamehi, Ahmad Ajaji, Nidal Ayyadi ja Mahmoud Abouhalima pommitamises osalemise eest ning mõlemad mõisteti eluks ajaks vangi. Palestiinlane Salameh arreteeriti, kui ta läks tagasi 400-dollarist tagatisraha, mille ta oli jätnud rünnakus kasutatud Ryderi rendiauto tarvis. Ajaj ja Ayyad, kes mõlemad mängisid osa pommi ehitamises, arreteeriti varsti pärast seda. Lõhkeainete ostmisel ja segamisel abiks olnud Abouhalima põgenes Saudi Araabiasse, kuid tabati kaks nädalat hiljem Egiptusest.
Rünnaku „Ramzi Ahmed Yousef” pealik püsis laias laastus kuni 1995. aasta veebruarini, mil ta Pakistanis arreteeriti. Ta oli varem viibinud Filipiinidel ja sealt lahkunud arvutist leiti terroriplaanid, mis sisaldasid paavst Johannes Paulus II tapmise plaani ja kava pommitada 48 Ameerika Ühendriikide 15 lennukit. Tagasi lendu Ameerika Ühendriikidesse tunnistas Yousef salateenistuse agendile, et ta oli algusest peale juhtinud kaubanduskeskuse rünnakut ja isegi väitis, et on seadnud kaitsme, mis plahvatas 1200-naelast pommi. Tema ainus kahetsus, agent tsiteeris Yousefi ütlust, oli see, et 110-korruseline torn ei langenud kaksikuks nagu kavandatud, katastroof, mis oleks põhjustanud tuhandeid surmajuhtumeid.
Eyad Ismoil, kes viis Ryderi kaubiku Maailmakaubanduskeskuse all asuvasse parkimismajja, tabati sel aastal Jordaanias ja viidi tagasi New Yorki. Kõigil kaasatud meestel oli sidemeid radikaalse Egiptuse usujuhi Sheik Omar Abdel Rahmaniga, kes tegutses New Jersey osariigis Jersey Cityst, mis asub Manhattanilt otse üle Hudsoni jõe. 1995. aastal mõisteti Rahman ja kümme järgijat süüdi vandenõus ÜRO peakorteri ja muude New Yorgi maamärkide õhkimiseks. Prokurörid väitsid, et Maailma Kaubanduskeskuse rünnak oli osa sellest vandenõust, ehkki selle süüdistuse kohta oli vähe selgeid tõendeid.
1997. aasta novembris mõisteti Yousef ja Ismoil kohtusaalis süüdi kaksiktornidest vaid mõne kvartali kaugusel ja mõisteti seejärel vanglasse eluks ajaks ilma tingimisi vangistuseta. Ainult üks mees, keda arvatakse rünnakuga otseselt seotud olevat, iraaklane Abdul Rahman Yasin, on endiselt suur.
Pärast USA saatkondade pommitamist 1998. aastal Keenias ja Tansaanias hakkasid USA uurijad kahtlustama, et Yousefil on sidemeid Saudi Araabia pagulase Osama bin Ladeniga, kes on USA-vastane juht. al Qaeda terroristide võrgustik. Kas bin Laden oli tegelikult seotud 1993. aasta Kaksiktorni rünnakutega, pole kindlaks tehtud, kuid 11. septembril 2019 lõpetasid kaks al-Qaeda terroristide rühmitust Yousefi alustatud töö, purustades kaks kaaperdatud lennukit Põhja-Atlandi ookeani põhja- ja lõunatorni. Maailmakaubanduskeskus.
Pilvelõhkujate konstruktsiooniteras ei suutnud taluda põleva reaktiivkütuse tekitatud tohutut kuumust ja mõlemad varisesid kokku kahe tunni jooksul pärast löömist. Maailmakaubanduskeskuses ja selle lähiümbruses hukkus ligi 3000 inimest, nende seas vapustav 343 tuletõrjujat ja 23 politseinikku, kes üritasid evakueerimist lõpule viia ja kõrgematele korrustele lõksu jäänud kontoritöötajaid päästa. Maailmakaubanduskeskuse tornides elas nende kokkuvarisemise ajal vaid kuus inimest. Ligi 10 000 inimest ravitakse vigastuste tõttu, paljud raskeid.
