Pärast 19-aastast vangistust tehakse šotlaste kuningannale Inglismaal Fotheringhay lossis peaga kaasosaline kuninganna Elizabeth I mõrvas.
1542. aastal tõusis Mary, olles vaid kuus päeva vana, isa surma järel Šotimaa troonile. Kuningas James V. Tema ema saatis ta üles kasvatama Prantsuse kohtusse ja 1558. aastal abiellus ta Prantsuse dauphiiniga, kellest sai kuningas. Francis II Prantsusmaal 1559. aastal, kuid suri järgmisel aastal. Pärast Franciscuse surma naasis Maarja Šotimaale, et täita oma roll riigi monarhina.
Aastal 1565 abiellus ta oma inglise nõo lordi Darnleyga, et tugevdada oma nõudmist Inglismaa trooni pärimise järele pärast Elizabethi surma. Aastal 1567 tapeti Darnley salapäraselt plahvatuses Kirk o 'Fieldi ääres ja Maarja armuke, Bothweli krahv oli peamine kahtlusalune. Ehkki Bothwell mõisteti süüdistuses õigeks, vaimustas tema abielu Maryga samal aastal aadel. Mary tõi aadlike vastu armee, kuid Šotimaal Lochlevenis lüüakse ja vangistati ning sunniti loobuma oma poja kasuks Darnley, Jamesi poolt.
Aastal 1568 põgenes Mary vangistusest ja tõstis üles olulise armee, kuid lüüa sai ja põgenes Inglismaale. Kuninganna Elizabeth tervitas algselt Maarjat, kuid oli peagi sunnitud panema oma sõbra koduarestisse pärast seda, kui Mary sai erinevate Inglise katoliiklaste ja hispaanlaste tähelepanu keskpunkti Elizabethi kukutamiseks. Üheksateist aastat hiljem, 1586. aastal teatati Elizabethi mõrvast ja Mary anti kohtu alla. Ta mõisteti süüdi kaasosaluse eest ja mõisteti surma.
8. veebruaril 1587 tehti šotlaste kuningannale riigireetmine. Tema poeg Šotimaa kuningas James VI võttis ema hukkamise rahulikult vastu ja kuninganna Elizabethi surma järel 1603. aastal sai temast Inglismaa, Šotimaa ja Iirimaa kuningas.
