Pärast reisimist kolm neljandikku ümber maakera tapetakse Portugali navigaator Ferdinand Magellan Filipiinide Mactani saarel toimunud hõimurünnaku ajal. Kuu alguses olid tema laevad ankrusse lasknud Filipiinide saarel Cebu ja Magellan kohtus kohaliku pealikuga, kes pärast ristiusku pöördumist veenis eurooplasi teda aitama naabruses Mactanil asuva rivaali hõimu vallutamisel. Järgnenud võitlustes tabas Magellanit mürgitatud nool ja ta jätsid taanduvad seltsimehed surma.
Portugali aadlik Magellan võitles oma riigi eest India ookeani ja Maroko moslemite domineerimise vastu. Ta osales paljudes olulistes lahingutes ja taotles 1514. aastal Portugali kuningalt Manuelilt oma pensioni suurendamist. Kuningas keeldus pärast Maroko piiramisrõnga kuulmist Magellani osas alusetuid kuulujutte ebaõigest käitumisest. Aastal 1516 esitas Magellan uuesti taotluse ja kuningas keeldus uuesti, seetõttu läks Magellan 1517 Hispaaniasse, et pakkuda oma teenuseid kuningas Charles I, hiljem Püha Rooma keiser Charles V.
1494 lahendasid Portugal ja Hispaania paavst Aleksander VI õhutusel vaidlused äsja avastatud maade üle Ameerikas ja mujal, jagades maailma kaheks mõjusfääriks. Atlandi ookeani kõik uued joonest lääne pool asuvad avastused leppisid kokku piirjoone eraldamise hispaania keeles ja kõik Portugali idaosas. Nii sai Lõuna- ja Kesk-Ameerikast domineerida hispaanlased, välja arvatud Brasiilia, mille avastas Portugali maadeavastaja Pedro Alvares Cabral aastal 1500 ja asus piiritlemisjoonest mõnevõrra ida pool. Muud Portugali avastused 16. sajandi alguses, näiteks Molukase saared Indoneesia Vürtsisaared, panid hispaanlased armukadedaks.
Kuningas Charlesile tegi Magellan ettepaneku purjetada läänes, leida väin läbi Ameerika ja seejärel jätkata läände Moluccasse, mis tõestaks, et Vürtsisaared asuvad piiritlemisjoonest läänes ja seega Hispaania sfääris. Magellan teadis, et maailm on ümmargune, kuid alahindas selle suurust, arvates, et Molukad peavad asuma Ameerika mandrist läänes, mitte suure kaardistamata ookeani teisel pool. Kuningas võttis selle plaani vastu ja 20. septembril 1519 asus Magellan Hispaaniast minema, laevale viis laeva ja 270 meest.
Magellan purjetas Lääne-Aafrikasse ja sealt edasi Brasiiliasse, kus otsis Lõuna-Ameerika rannikult väina, mis viiks ta Vaikse ookeani kaldale. Ta otsis läbi Brasiilia lõunaosas asuva suure suudmeala Rio de la Plata; ebaõnnestunud, jätkas ta lõunas mööda Patagoonia rannikut. 1520. aasta märtsi lõpus rajas ekspeditsioon Port St. Julianisse talikvartali. Lihavõttepühade südaööl tegid Hispaania kaptenid Portugali kapteni suhtes plahvatuse, kuid Magellan purustas mässu, hukates ühe kaptenitest ja lahkudes teisele kaldale, kui tema laev augustis Püha Julianuse juurest lahkus.
21. oktoobril avastas ta lõpuks väina, mida ta oli otsinud. Nagu teada sai, asub Magellani väin Lõuna-Ameerika tipu lähedal, eraldades Tierra del Fuego ja mandriosa mandriosa. Ainult kolm laeva sisenesid ülekäigurajale; üks oli hukkunud ja teine mahajäetud. Reetliku väinaga liikumiseks kulus 38 päeva ja kui teises otsas ookeani nähti, nuttis Magellan rõõmsalt. Ta oli esimene Euroopa maadeavastaja, kes jõudis Atlandi ookeanilt Vaikse ookeani. Tema laevastik läbis ookeani läänesuunalise ületamise 99 päevaga, ületades veed nii kummaliselt rahulikud, et ookean sai ladinakeelsest sõnast nime Vaikse ookeani piirkond pacificus, tähendab "rahulik". Lõpuks olid mehed toidust väljas ja närisid oma käevarustuse nahast osi, et end elus hoida. 6. märtsil 1521 maandus ekspeditsioon Guami saarel. Kümme päeva hiljem jõudsid nad Filipiinidesse, kui nad olid Spice'i saartest vaid umbes 400 miili kaugusel.
Pärast Magellani surma purjetasid ellujäänud kaks laeva Moluccasse ja laadisid laevakered vürtsiga. Üks laev üritas ebaõnnestunult naasta üle Vaikse ookeani. Teine laev, see Victoria, jätkus läänes baski navigaatori Juan Sebastian de Elcano käsu all. Laev purjetas üle India ookeani, ümardas Hea Lootuse neeme ja jõudis Sevillasse 9. septembril 1522, saades esimeseks maakera ümber käinud laeks.
