Kolonel Robert E. Lee astub tagasi Ameerika Ühendriikide armeest kaks päeva pärast seda, kui talle pakuti liidu armee juhtimist, ja kolm päeva pärast tema koduriigi Virginia liidust lahkumist.

Lee oli eraldamise vastu, kuid ta oli Virginia truu poeg. Tema ametlik tagasiastumine oli ainult üks lause, kuid ta kirjutas hiljem oma sõbrale ja mentorile kindral Winfield Scottile pikema selgituse. Lee oli võidelnud Scotti all Mehhiko sõja ajal (1846-48) ja ta paljastas oma endisele ülemale oma võitluse sügavuse. Lee rääkis Scottiga 18. aprillil ja selgitas, et ta oleks siis tagasi astunud. "Kuid võitluse jaoks on see maksnud mulle eraldamise teenistusest, millele olen pühendanud oma elu parimad aastad ja kõik võimalused, mis mul on." Lee avaldas tänu lahkuse eest, mida ta armee ajal 25-aastase teenistuse ajal üles näitas, kuid Lee oli Scottile kõige tänulikum."Kellelegi kindralile pole ma ühtlase lahkuse ja arvestatavuse eest nii palju võlgu kui iseennast ..." Ta lõpetas selle ülbe nägemusega: "Kui ma ei taha oma koduriiki kaitsta, ei taha ma enam kunagi oma mõõka tõmmata."

Kuid joonistage, et ta tahaks. Kaks päeva hiljem määrati Lee Virginia relvajõudude ülemaks kindralmajoriks. Järgmised paar kuud veetis ta vägede suurendamise Virginias ja juulis saadeti ta Lääne-Virginiasse nõustama konföderatsiooni komandöre, kes püüavad säilitada mägipiirkonna üle kontrolli. Lee tegi seal oma maine suurendamiseks vähe, sest konföderatsioonid kogesid mitmeid tagasilööke ja ta naasis Richmondi, kui liit saavutas piirkonna kontrolli. Järgmisel aastal asus Lee juhtima Põhja-Virginia armeed pärast seda, kui kindral Joseph Johnston sai lahingus haavata. Lee pööras kiiresti liidu kindrali George B. McClellani jaoks tabeleid, nagu ka mitmed teised Potomaci armee ülemad. Tema sära lahinguvälja taktikuna teenis talle koha kõigi aegade suurte sõjaliste juhtide seas.